オープンソースの創薬支援AI「OpenDDE」が登場
高コストな大手テック企業提供の創薬支援AIが主流の中、米中を拠点とするテックバイオ企業Aurekaが異なるアプローチを打ち出しました。同社は、次世代創薬システムの構造推論コアとなるオープンソースの基盤モデル「Open Drug Discovery Engine (OpenDDE)」をリリースしました。
創薬研究の民主化を目指す
このリリースは、タンパク質、核酸、低分子リガンド、その他の分子間の相互作用をモデル化するために使用される生体分子共折り畳み研究へのアクセスを民主化し、「研究者、スタートアップ、学術研究室、多国籍企業にとって、この活動をより利用しやすくする」ことを目的としています。
現在、創薬に使用される多くの主要なAIシステムは、Insilico MedicineのPharma.AI、Isomorphic LabのAlphaFold後継IsoDDE、RecursionのBoltz-2.1のように、プロプライエタリで継続的な利用コストがかかるクローズドソースです。
「all-atom」プラットフォームと将来の展望
AurekaのAIは、簡略化された表現ではなく、生物システム内の個々の原子すべてをシミュレートする「all-atom」プラットフォームとして宣伝されています。
現在、OpenDDEは以下の機能をカバーしています。
- 構造予測
- 抗体-抗原モデリング
- 創薬研究
- 新薬分子のde novo設計
- 薬物候補とその標的間の結合強度の推定
- 隠れた結合部位を発見することもある、タンパク質の動的な3D形状をシミュレートするコンフォメーションアンサンブルモデリング
しかしAurekaは、その機能をさらに拡張する予定です。
その他の将来の機能には、生成AIを使用して標的に完璧にフィットする候補を設計する構造条件付き最適化や、実験フィードバックループが含まれます。
Aurekaの包括的な創薬インフラ
AurekaのAI研究責任者Will Hua氏は、共折り畳みモジュールのリリースを「Aurekaにとっての最初の小さな一歩」と述べ、生体分子基盤モデルが「スケーリング時代に入っている」中で「真の創薬エンジン」を目指していると語っています。
同社は、このAIを高スループットの自動ウェットラボプラットフォームと組み合わせて、ドライ-ウェット閉ループ発見システムを構築しており、独自の治療候補パイプラインも開発中です。
「Aurekaにとって、OpenDDEは、基盤モデル、計算、分子設計、高スループット機能検証、閉ループ最適化、アセットデータルーム生成にわたる、より大きなAIネイティブ創薬インフラの一部です」とHua氏は付け加えました。
「OpenDDEはまだ完全な創薬エンジンではありません。欠点もありますが、基盤となる層を形成します。生体分子モデリングと物理的なウェットラボ検証を結びつけることで、治療薬の発見をよりスケーラブル、再現性、アクセス可能にしたいと考えています。」